علی بهجت در بخش دیگری از گفت‌وگوی خود با فارس به شیوه برخورد پدر خود با نظریات علمی اشاره کرد و گفت: ایشان اشکالات و ایرادات نظریه‌های دیگران را می‌گرفت و بعد وقتی می‌خواست نظریه خودش را بدهد، نمی‌گفت که این نظریه بنده است و هیچ کسی نگفته و در جایی نیست و یا خوب توجه کنید. بلکه فقط می‌فرمود: این چنین هم می‌شود گفت، حالا شما ببینید. ایشان آخرین فرمول‌های عرشی را از لحاظ علمی با این بیان ساده می‌گفت.

فرزند آیت‌الله بهجت گفت: از نظر بعد درونی که اصلا حاضر نبود اقرار به چیزی بکند. حتی اینقدر پوشش داشت که مثلا اگر ما می‌خواستیم راجع به استاد ایشان بپرسیم، که آیا از استادتان کار خارق العاده‌ای دیدید یا نه؟ و یا شاهد عمل ممتازی از او بودید یا نه؟ حاضر نبود حرفی بزند. چرایش را بعدها فهمیدم که اگر ایشان درباره استاد خود سخن می‌گفت، این سوال به ذهن ما می‌آمد که حالا این استاد به شما چه یاد دادند؟ بنابراین ایشان از ابتدا چیزی نمی‌گفتند.

وی ادامه داد: بنده دبستانی که بودم، یکی از علما که ریش حنایی می‌گذاشت و سیدی حدود 80 ساله بود، به من گفت که برو تو نخ بابات و ببین که چی بلد است. پدرم او را می‌شناخت ولی من خوب او را نمی‌شناختم. به من می‌گفت که استاد پدرت آنقدر قوی بوده که به هر کسی چیز مهمی داده، برو ببین به پدرت چه داده است.

وی افزود: من هم بچه بودم و می‌رفتم می‌گفتم بابا، آن آقا گفته برو ببین پدرت چه گرفته. پدرم خیلی می‌خندید و در حال تبسم می‌گفت: بله، عجب... عجب... و از کنار آن می‌گذشت. هیچ راهی نمی‌گذاشت تا بیشتر در موردش بدانیم.